Demonstratie diverse bio-informatica databases en tools (ma 301109):


Demo Nucleotide BLAST


Demo Protein BLAST


 Demo NCBI databases en tools: Entrez (zoeken en doorlinken; voorbeeld: Kruijer W)




Oefenen 

Opgave 1:

Zoek de SwissProt-entry op van het humane eiwit P07320 in Entrez 

Beantwoord hierover de volgende vragen:

a. Van welk onderdeel van ons lichaam is dit eiwit de belangrijkste structurele component?

b. Welke vier aandoeningen zijn het gevolg van defecten in dit eiwit?

Achterhaal m.b.v. BLAST:

c. of er in de SwissProt-database eiwitten bacterie-eiwitten te vinden zijn die significant lijken op P07320

d. of er in de SwissProt-database eiwitten planten (viridiplantae)-eiwitten te vinden zijn die significant lijken op P07320

e. in de SwissProt-database eiwitten geleedpotigen (arthropoda)-eiwitten te vinden zijn die significant lijken op P07320

f. Zijn de resultaten uit vraag c-e verrassend?

Opgave 2:

De bio-informatica van oorsmeer