Website van de opleiding BM Saxion Hogeschool Enschede
Bio-informatica

Verantwoording


Opzet:

De onderwerpen van dit minor-onderdeel zijn verdeeld over een aantal studietaken. Per studietaak bestudeer je een bepaalde hoeveelheid theorie (uit een boek of op deze site) en ga je aan de slag met een of meer databases en/of tools (programma's).

Of je voldoende kennis hebt opgedaan wordt per studietaak getest. Dit kan op verschillende manieren: soms moet je in de les een individuele (computer)toets maken over een bepaald stuk theorie of een bepaalde database of tool, maar het kan ook zo zijn dat je uitwerkingen moet inleveren van een aantal opdrachten. Opdrachten worden bij voorkeur in tweetallen gedaan, maar mogen eventueel ook individueel worden uitgevoerd. 

Je bezoekt de lessen (op dinsdag en vrijdag). Hierin krijg je ondersteuning bij het uivoeren van de studietaken en feedback op ingeleverde opdracht-uitwerkingen. Ook is er af en toe een assessment: hierbij wordt getest of de ingeleverde opdracht-uitwerking door individiduele studenten ook echt begrepen is. De lessen worden ook gebruikt om het resultaat van bepaalde studietaken te toetsen (theorietoetsen op vrijdag, computertoetsen op dinsdag).

Het eindcijfer voor dit minor-onderdeel zal worden samengesteld uit cijfers bepaald voor de diverse studietaken; dit via een nog nader te bepalen formule.


Lesplan (in ontwikkeling):

Week 3.1:
Dinsdag:
Iintroductie en starten Studietaak 0.1 en 0.2
Vrijdag:
Diagnostische toets Studietaak 0.1 (voorkennis)

Week 3.2:

Dinsdag:
Werken aan Studietaak 0.2 (Bio-informatica BM2)
Vrijdag: 
Bespreking tekeningen Studietaak 0.1

Week 3.3:

Dinsdag:
Computertoets Studietaak 0.2 (Bio-informatica BM2): moet voldoende worden afgesloten; start Studietaak 1
Vrijdag:
Bespreking tekeningen Studietaak 0.1
Ondersteuning bij Studietaak 1

Week 3.4:
Dinsdag:
Bespreking/demonstratie  'pijnpunten' computertoets Studietaak 0.2
Ondersteuning bij Studietaak 1
Vrijdag:
Bespreking ingeleverde uitwerkingen Studietaak 1

Week 3.5:
Dinsdag:
Vervolg bespreking/demonstratie 'pijnpunten' computertoets Studietaak 0.2
Vervolg bespreking ingeleverde uitwerkingen Studietaak 1
Introductie Studietaak 1.5 (Ensembl)
Vrijdag:
Bespreking lastige onderdelen Ensembl-cursus (Studietaak 1.5)
Verdeling keuzetaken

Week 3.6:
Dinsdag:
Vervolg Studietaak 1.5 (Ensembl)
Introductie van een of meer van de volgende studietaken
Vrijdag:
Ethiek van genomics

Week 3.7:

Week 3.8:

Dinsdag:
Computertoets Studietaak 1.5 (Ensembl)
 


Studietaak 0: Gezamenlijk startniveau bereiken 

  1. Opfrissen voorkennis moleculaire biologie en biochemie; beoordeling via diagnostische toets (op vrijdag 1302):  geeft beeld van welke theorie je nog eens goed moet bestuderen (= de onderdelen waar je minder dan 50% van de vragen goed had)
  2. Opfrissen en inhalen bio-informatica BM2 : voer hiervan zelfstandig de onderdelen Studietaak 1, Studietaak 2 en 'Testen studietaak 1 en 2' uit: beoordeling via computertoets (op dinsdag in week 3.3)

Links startles (week 3.1, dinsdag 10 februari): 

Link week 3.1, vrijdag 13 februari:

Presentatie genstructuur, week 3.2, vrijdag 27 februari:
  • Ppt: zie G-schijf

Aanvullingen/correcties bio-informatica BM2:

Omdat ik de pagina´s van de BM2-module niet meer kan aanpassen, heb ik hier alle correcties en aanvullingen geplaatst om de missende links etc. van deze pagina´s te omzeilen:
  
1.1.2: Primaire sequentiedatabases:
A. Primaire DNA-sequentiedatabases:
De link naar de DNA Database of Japan: DDBJ

1.1.4: Nog meer biologische databases:
De daar genoemde link is niet naar de NAR Database Issue van 2006, maar naar die van 2008. Die van 2009 vind je hier. De link naar de startpagina van databases (de Database categories list)  is automatisch ge-update naar die van 2009.

1.2.2: De databases van Entrez:
Het aantal organismen waarvan op dit moment het genoom in de Gene-database te vinden is, is 5897

1.2.3: Effectief zoeken met Entrez:
A. Booleaans zoeken:
De tutorial van de New York University bestaat niet meer, maar ik vond er wel twee bij de Colorado State University Libraries:
Boolean Searching Basic en
Boolean Searching Advanced
De opgaven:

Opgave 1: Werkende link naar artikel over puberteitsgen

Testen studietaak 1 en 2 BM2:
De missende plaatjes bij de opgaven laat ik voor wat ze zijn (jammer maar helaas).
OPGAVE 2: Link Ötzi in Duitse Wikipedia
Juiste antwoorden en hints:
Opgaven 1-4
Maxi-opdracht

 


Studietaak 1: Genomen en genoomdatabases

Ga naar Studietaak 1


Studietaak 2: Multiple Sequence Alignment 

Ga naar Studietaak 2
LET OP: In deze studietaak wordt regelmatig gebruik gemaakt van het programma ClustalW op de site van Wageningen Universiteit. Deze blijkt op dit moment (hopelijk tijdelijk) uit de lucht te zijn! Gebruik als dit het geval is ClustalW op deze Japanse site.
Uitwerkingen inelveren kan via mail t/m zondag 19 april


Studietaak 3: Eiwitdatabases en -tools

Computertoets in week 4.1 (datum nog nader vast te stellen)


Studietaak 4: Genen identificeren en analyseren



Studietaak 5: Computertools voor het werken met DNA in het lab

5.1 Restrictiesite-analyse (met opdracht 1)

5.2
Virtueel kloneren
Gebruik de UT-link in het menu aan de linkerkant > Virtueel kloneren.
Opdracht 2: Clone Manager-vragen in groepjes uitwerken en meenemen naar de les van vrijdag 3 april. Uitwerking vraag 7 meenemen naar de les van dinsdag 7 april.

5.3 PCR (met opdracht 3)
Opdracht 3A:  Uitwerkingen meenemen naar les van vrijdag 3 april. Opdracht 3B en 3C: Uitwerkingen meenemen naar les van dinsdag 7 april.


 


Keuzetaak (WEEK 3-10 en eventueel in KWARTIEL 4):

Individueel of in groepje. Het benodigde materiaal wordt uitgereikt nadat men zich voor een bepaalde keuzetaak heeft aangemeld. Een keuzetaak wordt zelfstandig en met minimale ondersteuning uitgevoerd.
Iedereen voert minstens één keuzetaak uit. Voert men een tweede keuzetaak uit, dan levert dit een bonus op voor het eindcijfer (deze kan eventueel een onvoldoende ander onderdeel compenseren).
De keuzetaak kan eventueel ook in kwartiel 4 worden uitgevoerd.

A. Programmeren

B. Implementatie van moleculair-biologische software (Vector NTI)

Leren kennen van de mogelijkheden van Vector NTI en het maken van onderwijsmateriaal (uitleg, opdrachten)

 

(C. Gen-expressie en bio-informatica - NIET GEKOZEN)
(D. Proteomics en bio-informatica -NIET GEKOZEN)
(E. Eiwitstructuur en bio-informatica - NIET GEKOZEN)

F. Evolutie en bio-informatica

G. Verdieping in het genoom van een organisme  of de genomen van een groep van organismen naar keuze


Dit gebeurt via het doorwerken van een hoofdstuk uit het boek 'Bioinformatics and Functional Genomics'. Hieronder vind je voor elk hoofdstuk de benodigde links. Let op: Niet alle links kloppen anno 2009. Ook zullen niet alle aanwijzingen in de tekst meer kloppen. In dit boek wordt bijvoorbeeld nogal eens gebruik gemaakt van NCBI LocusLink, maar deze functie is vervangen door Entrez Gene en dit heeft een andere opzet dan LocusLink.
Keuze uit:
H. Erfelijke aandoeningen

Je zoekt allerlei aspecten uit van een erfelijke aandoening, gebruik makend van diverse databases. Hierover schrijf je een verslag.

Opdracht

I. Het maken van een database

Opdracht

Ondersteunend materiaal:







 


Bio-informatica
HomeAlgemeen1e jaar2e jaar3e en 4e jaarCrime ScienceUTForumContacteer mij